セカンドインパクト、西暦２０００年に訪れた、有史以来最大の厄災、それによって、世界中の主要都市が壊滅、気候変動等による世界を包み込む混乱、それにより３０億に近い人命が失われた。 その一方、サードインパクトなる物の到来が予測された。それへ世界を誘う者達、使徒と呼ばれる存在。 人類は、それに立ち向かう努力をしていた。理由は様々だが、使徒を倒さねばならないという利害は皆一致していた。 そして、４年余りの月日が流れた。 国際連合下の人工進化研究所、日本の箱根にある特別施設である。 今、その地下の施設で実験が行われていた。 ガラスに引っ付いて巨人を見ている幼い男の子がいた。 白衣を着て奥の机についている男、その横に立っている青い髪の幼い女の子、反対側に立っている白髪交じりの男、部屋の中央にいる赤毛の女。 「どうしてここに子供がいる？」 白髪混じりの男が非難交じりに言った。 「所長のお子さんだそうです」 「碇、ここは託児所じゃない」 机に座っている男は碇と言うらしい。 『ごめんなさい、先生。』 「ユイ君、分かっているのか今日は君の実験なんだぞ。」 『この子達に未来の希望を見せておきたくて。』 男の子は巨人の横にいる母親に手を振っている。 母親は微笑み手を振り返した。 そして、男の子の母親が巨人に入って暫くして事故は起こった。 警報が鳴り響き、研究者達が叫び、慌てていた。 そして、男の子の母親は姿を消した。
あとがき ＹＵＫＩ「立場の違い、第０話をお届けしました。」 アスカ「・・・どこが違うの？？」 レイ 「私がいるのね」 ＹＵＫＩ「そうですね」 アスカ「なるほど、ま、早く次ぎ見てみましょう」