＊ここには、本編と設定の違うキャラとオリジナルのキャラのみを紹介しています ＊年齢は全て2015年の時点のものです 碇 シンジ（１４） １将 元サードチルドレン。サードインパクトからレイの力によって回帰し、歴史を変えるために洋一を頼る。サードインパクトによって心もだいぶ強くなり、人類の全ての知識も得た。また、天才科学者であったユイの遺伝子を持つことと、外見より１４歳上の頭脳を持つこと、そして懸命に勉強もしたことによって、ユイ以上の天才へと成長した。が、鈍感なところは昔と変わらない。技術部および作戦部所属。シリウス総司令である。 月城 レイ（１４） ２佐 元ファーストチルドレン。シンジをつれてサードインパクトから回帰した。リリスの力は完全に覚醒している。感情を理解してはいるのだが表に出したがらない。かなりの天然で、シンジに好意を抱いている。ちなみに月城というのはネルフの目をごまかすための名字。本人はなかなか気に入っている。作戦部所属。 鳳 洋一（３８） 無階級 世界最大の企業帝洋グループの会長。サードインパクトを防ぐため、シンジらに協力している。戸籍上、シンジとレイの保護者ということになっている。シリウスには所属していない。普段は第二新東京の帝洋グループ本社に居る。 鳳 レイラ（１４） ２佐 鳳洋一の愛娘。性格は、霧島マナより少しおしとやか、といった感じ。シンジに好意を抱いているが、内気な性格もあって言い出せないでいる。作戦部所属。 鳳（旧姓碇）メイ（３８） ３将 鳳洋一の秘書兼妻で、シンジの伯母。ただし、伯母さんと呼ぶのは禁止している。シリウスが本格的に動き始めてからは第三新東京市にシンジたちと住んでいる。ユイとよく似ているが、よりしっかりしている。頭の回転が速く、天才肌なのはユイにそっくり。それを生かして作戦立案の補助を行う。作戦部所属で指揮官補佐。 加持 リョウジ（２９） １佐 シンジの、真実を教えるという話につられてやってきた。ゼーレ、内務省、ネルフ、シリウス兼務。本業はシリウス・・のつもりらしい。現在はアスカの護衛についている。シリウス指令直属。 惣流・アスカ・ラングレー（１４） サードチルドレンになるはずだったシンジの失踪による戦力不足を見越して、第三使徒襲来の一週間前に来日する。セカンドチルドレンで弐号機専属パイロット。シンクロ率は８０％程度。 洞木ヒカリ（１４） 碇シンジの失踪により、空席となったサードチルドレンに選ばれる。初号機専属パイロットであり、コアには母親の魂がインストールされている。シンクロ率は４０％程度。 鷹隼（赤木） ナオコ（？？） ３将 シンジから真実を知り、ゲンドウに復讐するため、死んだと偽装し、シリウスに入る。シリウスでMAGIの次世代型の第8世代のスーパー有機コンピューターシステム、NMS（ネクストマギシステム、NEXT MAGI SYSTEM）を完成させた。軽い整形をしている。もちろん技術部所属の技術部長。 東郷 龍一郎（４０） ２将 あの東郷平八郎の子孫。戦略自衛隊からの引き抜きだが、洋一の古い友人であるため、信頼され、副指令も兼任している。軍隊の指揮、および作戦立案に大変優れている。作戦部所属の作戦指揮官。