外国人は在外公館（日本国大使館・領事館）で日本入国のための推薦状とも言える査証（VISA）の発給を受けるための申請をします。また、日本に入国する際にも、上陸港で入国審査官の審査を受けます。この査証の発給、上陸許可手続きの簡易・迅速化のために平成元年に在留資格認定証明書の制度ができました。この在留資格認定証明書を提示すれば、事前に審査済みということで比較的簡単に査証や上陸許可が得られるのです。短期滞在ビザでの来日をする外国人以外は、通常この方法で入国します。（なお、在留資格のうち「短期滞在」と「永住者」については、在留資格認定証明書は交付されません。）

　許可された在留期間は更新（延長）することができます。（なお、在留資格のうち「短期滞在」については、原則として在留期間の更新は許可されません。）

　日本滞在中に就職・転職・結婚などで在留資格を変更すべき事由が生じた場合には、在留資格は許可を受けて変更することができます。（なお、在留資格のうち「短期滞在」については、一部の例外を除き、原則として在留資格の変更は許可されません。また、複数の在留資格に該当する場合でも、在留資格は一つしか認められません。）

　外国人が日本から出国すると、在留資格は出国と同時に消滅してしまいます。そこで、在留期間内に一時日本を離れ再び日本に戻る場合は、あらかじめ再入国許可を受けてから出国します。再入国許可があれば日本に再び入国する時に査証は不要です。また、出国前の在留資格と在留期間が継続されます。（なお、「永住者」の在留資格を与えられた外国人であっても再入国許可を受けずに出国すると在留資格を失います。）

　日本で子供が生まれたり、日本国籍を離脱して外国人になった場合等は、在留資格取得の申請をします。

　旅券（パスポート）の更新・紛失・滅失等により新旅券の発給を受けた場合に、入国・在留の許可に関わる各種証印を新旅券に転記します。

　日本に帰化して日本人になった場合等在留資格が不用になった場合は、旅券（パスポート）から在留資格・在留期間等の証印を抹消します。

　在留資格が「外交」「公用」の外国人や日米地位協定該当者等を除き、９０日（出生または日本国籍離脱者等は６０日）を越えて日本に滞在しようとする外国人は、外国人登録の申請をしなければなりません。登録が完了すると、外国人登録証明書が交付されます。

　住所・氏名・国籍・在留資格・在留期間など、外国人登録の内容に変更を生じた場合は、外国人登録の変更登録の申請をしなければなりません。